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「アーケードアーカイブス2 ムーンシャトル」では，新しいユーザーインタフェースを採用するほか，ボタン配置変更や連射設定，複数セーブスロット機能，巻き戻し機能といった便利な機能を搭載している。オンラインランキングにも対応しており，世界中のプレイヤーとスコアを競うことも可能だ。
さらに，従来の「オリジナルモード」「ハイスコアモード」「キャラバンモード」に加え，スコアではなくゲームクリアまでの時間を競う「タイムアタックモード」も収録する。
加えて，VRR（可変リフレッシュレート）にも対応し，オリジナルのアーケード版に近い挙動が再現されている。